L'an 2531, vingt ans avant les événements de Halo: Combat Evolved, alors que les Covenants font une découverte sur la planète Harvest. Spirit of Fire, le vaisseau de l'UNSC est chargé de se rendre sur les lieux et de mettre un frein aux plans de l'ennemi. Ce que l'équipage s'apprête à découvrir pourrait constituer l'unique chance de survie de l'humanité.